Pour la troisième fois, Austin Powers et le docteur Denfer s'affrontent. Mais cette fois-ci, le meilleur agent secret de Grande-Bretagne se trouve face à un nouvel ennemi : Goldmember, qui a kidnappé son père Nigel Powers. Ensemble, le docteur Denfer et Goldmember projettent de noyer le monde dans les profondeurs des océans ; dès lors, Austin Powers doit non seulement délivrer son père, mais aussi empêcher le docteur Denfer et Goldmember de mener leur plan diabolique à bien.